Les travaux du CERRHUD s’organisent autour d’axes définis selon les expertises pluridisciplinaires de ses équipes et les enjeux majeurs de santé publique au Bénin et en Afrique. Ces axes sont portés par quatre départements scientifiques et un cabinet de direction transversal, regroupant médecins, biologistes, épidémiologistes, biostatisticiens, bio informaticiens, démographes, économistes de la santé, sociologues, bioéthiciens et professionnels de laboratoire.